Ayasofya'nın camiden müzeye dönüştürülmesine dair 24 Kasım 1934 tarihli Bakanlar Kurulu kararının iptali istemiyle Danıştay 10. Dairesi'nde dava açan Kandemir, Bursa'nın Yıldırım ilçesi Emirsultan Mahallesi'ndeki evinde sabah saatlerinde yaşamını yitirdi. Yaşlılığa bağlı organ yetmezliğinden kaynaklanan rahatsızlıklardan dolayı hayatını kaybettiği belirlenen Kandemir, Ayasofya Müzesi'nin camiye çevrilerek ibadete açılması için açtığı davayı 2020'de kazandı.
Kandemir için ikindi vakti Bursa Emirsultan Camisi'nde cenaze töreni düzenlendi. Cenaze törenine Yıldırım Belediye Başkanı Oktay Yılmaz'ın yanı sıra yakınları katıldı. İsmail Kandemir'in cenazesi, ikindi namazının ardından kılınan cenaze namazından sonra Emirsultan Mezarlığı'na defnedildi.